本发明公开了基于滚动时域估计的磁悬浮转子振动补偿控制方法及系统，所述方法包括以下步骤：采集磁悬浮转子位移电压信号并传送给滚动时域估计；通过滚动时域估计器计算出状态估计值和扰动估计值；将扰动估计值传送至滚动时域控制器得到优化控制序列；基于滚动时域轨迹的磁悬浮转子振动补偿控制系统，将优化控制序列与参考位置比较，并将比较值传送至磁轴承线圈；提高了精确估计磁悬浮系统中存在的各种扰动和不确定因素，可以取得比传统PID控制更好的鲁棒性。