本发明公开了一种云环境下XML档案隐私数据保护方法及系统。方法包括以下步骤：(1)对于XML档案中的敏感元素增设密文数据元素、蕴含特征数据元素、以及范围特征数据元素；(2)将原始查询变换为对于所述敏感元素蕴含特征数据元素和/或范围特征数据元素的替代查询；(3)在云端执行替代查询将结果发送给可信端；(4)结果进行解密，在所述敏感元素存储内容的明文上执行原始查询，将查询结果返回给用户。系统包括加密部件、查询转换部件和解密部件。本发明防止云服务器的泄密风险，保护用于隐私，由此解决现有技术中云服务器端XML档案隐私数据安全性存在风险的技术问题。