本发明提供一种自动化的导热材料加工设备，包括：壳体、第一防护传感器、第二防护传感器、底板、电气控制底座以及三轴运动组件，所述壳体设置于所述电气控制底座上；所述三轴运动组件通过所述底板设置于所述电气控制底座上，并设置于所述壳体内；所述第一防护传感器和第二防护传感器对称设置于所述壳体的开口两端，所述底板上设置有真空吸气孔，所述三轴运动组件的工作区域设置于所述真空吸气孔的正上方；在工作过程中，若所述第一防护传感器和第二防护传感器之间检测到传感信号，则控制所述三轴运动组件停止工作。本发明操作简单、自动化程度高且安全可控，能够实现自动化控制，节省人工成本，速度快，精度高，能满足不同尺寸的加工需求。