一株胞外分泌表达桦褐孔菌二肽酶的工程菌，通过利用克隆的桦褐孔菌去跨膜区的二肽酶基因IDP与表达载体可操作地连接，得到能够表达该蛋白的重组表达载体，并将上述重组表达载体导入恰当的宿主细胞中而获得。本发明还提供一种制备上述IDP的方法，其是通过培养IDP‑X33，经甲醇诱导表达获得桦褐孔菌去跨膜区的二肽酶IDP。所述培养条件为28℃，初始pH为7，200rpm培养96小时。所述诱导条件为每24小时补充一次诱导物甲醇，至甲醇终浓度为1.0％。本发明的提供的重组毕赤酵母表达二肽酶方法，胞外分泌酶活达到24U/mL，细胞密度(OD600)为24.5，酶的分泌效率为1U/mL。