本发明提供原烟配方高架库装箱站的空箱传输方法、系统、中央控制终端，所述原烟配方高架库装箱站包括开始站、清扫站、管制站、装箱站、检验站、入库申请站、出库站、等待站和高架库；包括以下步骤：判断装箱任务的类型；所述装箱任务的类型包括无装箱任务、空箱数量小于预设值的少量空箱装箱任务和空箱数量不小于所述预设值的大量空箱装箱任务；根据所述装箱任务的类型执行对应的空箱传输控制。本发明的原烟配方高架库装箱站的空箱传输方法、系统、中央控制终端，通过判断装箱任务的类型，可以起到合理传输空箱的作用。