本发明公开了一种基于电场调制荧光相关光谱法的荧光基团识别方法，包括步骤：将含有荧光基团物质的水溶液加入微流控通道中，使液体在微流控通道中流动；在所述微流控通道的液体流动方向的两侧增加交变电场，设为检测区域；在所述检测区域中由激发光激发荧光基团，由时间分辨单光子探测仪记录所述荧光基团的光子发生事件，并计算出荧光相关光谱；对比在所述交变电场产生的不同电压时获得的荧光相关光谱的扩散系数变化量区分不同荷质比的荧光基团物质。本发明还公开了基于电场调制荧光相关光谱法的荧光基团识别装置。本发明方法能避免高流量以及液体流动不均匀性带来的荧光基团识别误差，提高识别精度。