本发明公开了一种调节皮肤微生物菌群的杀菌组合物及其应用，由乳酸杆菌发酵溶胞产物、季铵盐‑73、倒捻子果皮提取物组成。本发明组合物中的乳酸杆菌发酵溶胞产物和倒捻子果皮提取物能够在其他祛痘成分（如季铵盐‑73）杀死痤疮丙酸杆菌的同时降低其对有益菌或共生菌的杀灭率，平衡由于个体差异所带来的菌群不同程度的失衡。此外，乳酸杆菌发酵溶胞产物和倒捻子果皮提取物的搭配使用还能够有效降低常规防腐剂对于痤疮患者面部的刺激或伤害，能够减少因防腐剂引起的面部痒痛红肿等过敏情况的发生。