本发明公开了一种应用STING蛋白亲合纯化环二核苷酸的方法，属于微生物发酵提纯的技术领域。本发明是利用了镍螯合琼脂糖为固相载体，与C端带有组氨酸标签(His‑tag)的人源干扰素基因刺激蛋白的配体结合结构域(STINGLBD,residues 149‑341)相结合后，填入柱子中制成STING亲合柱。该亲合柱能够和环二核苷酸特异性结合，然后可通过含尿素溶液对所结合的配体进行专一的洗脱。本发明的有益效果为：1、解决了现有技术无法从复杂样品中直接提取环二核苷酸的难题；2、只需经过一步纯化即可从复杂样品中获得纯度＞80％的环二核苷酸；3、大大的降低了环二核苷酸的制备成本。