本发明涉及一种高抗逆性凝结芽孢杆菌突变株及应用，属于食品微生物技术领域。本发明利用常压室温等离子诱变（ARTP）结合适应性进化育种得到一株凝结芽孢杆菌突变株Bacillus coagulans CL5‑2，其保藏号为CGMCC No 1.17145。该菌株的耐酸性、抗胆盐以及耐高温等抗逆性明显提高，可在80℃条件下连续处理50min，存活率达92%以上。将该菌株应用于制备豆粕发酵，产品中活菌数>2×107/kg，总蛋白含量>50%，酸性小肽含量>20%，该菌株同时具备开发为微生态饲料添加剂的优良性能。