本发明提供燕窝中硫酸乙酰肝素/肝素的提取方法与结构解析，属于天然产物制备纯化领域。该方法先将粉末状燕窝用胰蛋白酶酶解，再通过DEAE阴离子交换色谱柱、透析、冻干等一系列步骤得到燕窝糖胺聚糖。然后样品用肝素酶Ⅰ、肝素酶Ⅱ、肝素酶Ⅲ特异性酶解燕窝糖胺聚糖至硫酸乙酰肝素/肝素二糖，再利用分子排阻色谱法，分离纯化得到硫酸乙酰肝素二糖/肝素二糖。硫酸乙酰肝素二糖/肝素二糖以离子对试剂为流动相，利用LC/MS‑ITTOF分析二糖组分的结构并得到摩尔百分比，最后建立硫酸乙酰肝素二糖/肝素区域结构模型。