本发明公开一种含电力电子发电设备的交流系统继电保护配置方法，包括如下步骤：步骤一，根据电力电子发电设备的控制策略参考基准量，确定在各类控制过程中电力电子发电设备的等效各序电源外特性；步骤二，根据电力电子发电设备的变压器结构形式，确定电力电子发电设备是否具备零序分量通路；步骤三，以电力电子设备各序电源特征以及零序分量流通情况为基础，按照设定的策略明确对于交流继电保护元件的影响，并取消受影响的保护功能配置。此种配置方法可提升此类系统中交流继电保护的动作性能。