本发明提供了一种减少运行期坝肩变形对混凝土坝影响的方法，混凝土坝施工过程中，冷却水管出入口均布置在大坝下游，且保留至运行期，不进行回填封堵；在运行期，基于实测坝肩变形，根据变形规律按照高程分区模拟，结合施工过程、硬化过程、灌浆过程、温控过程、蓄水过程对温度和变形进行监测，采用全坝全过程仿真分析计算大坝工作性态，得到大坝应力状态；基于大坝混凝土允许抗拉和抗压强度，进行大坝各部位应力安全系数计算；根据坝肩变形规律和量值，采用全坝全过程仿真分析方法，结合应力控制标准，确定坝体各高程需要削减的坝肩变形；根据上述需要消减的坝肩变形，确定坝体各高程需要改变的温度量值；采用仿真方法，根据各高程需要改变的温度量值确定不同季节通水策略，采用通水控温方式实现消减坝肩变形对大坝工作性态的影响。