本发明公开了一种含抗性成分的组合物的环保制备方法及其应用，所述方法包括：S1、称取一定体积水，调pH，加入苦参根，进行高温保温提取；S2、对步骤S1提取后的溶液调pH，然后加入胀果甘草根，升温至沸水进行提取；S3、于步骤S2提取后的沸水溶液中加入黄芩根进行提取，过滤，调pH；S4、将步骤S3所得滤液加入活性炭保温，过滤；S5、将步骤S4所得滤液加入澄清剂，静置，过滤；S6、对步骤S6所得滤液进行膜分离，即得。本发明工艺步骤少，无有机溶剂、无废水，节能环保，适合于连续化、规模化生产。本发明制备的生物活性成分水溶液能够运用于生物医药、食品保健品、化妆品领域，尤其在皮肤上的功效能够得到提高和扩增。