本发明涉及海藻酸钙微球制备技术领域，尤其涉及一种基于微反应器制备海藻酸钙微球的装置及方法和应用。所述方法包括：1)先将外相流体通入第二点胶针头中，然后进入外相玻璃管，待外相流体流出其出口时，通过第一点胶针头和内相玻璃管通入内相流体；2)由于外相流体剪切力的作用，内相流体在内相玻璃管的出口处形成由外相流体所包覆的液滴，随外相流体流入收集培养皿；3)收集时不断移动芯片的位置，使在培养皿中收集的液滴彼此之间隔开，完成后对得到的液滴静置，除去多余外相流体，即得。发明基于微反应器，并且利用油水两相制备的海藻酸钙微球具有粒径均一、球形度好、溶胀比可控的特点，能够更好地满足载药、催化、检测方面的应用。