本发明公开了一种光栅投影轮廓有效点自动提取方法及系统，方法包括以下步骤：在PC机上编码生成正弦条纹图像；投影仪将所述正弦条纹图像投影到被测物表面；CMOS相机采集所述被测物的多幅调制图像；通过软件编程解包裹相位，重建所述被测物的三维轮廓；其中，在获取所述调制图像以后，把像素点聚类设置为背景点、边界点与目标点三类，并分别确定边界点初始质心、目标点初始质心和背景点初始质心；进行聚类处理，定义一个阈值tm,第t次聚类时，质心前后两次迭代的质心值之间的差值小于阈值tm时，即可认为此时的质心趋近于收敛；如果目标点质心趋近于收敛,则把大于c3t的点移除数据列表；如果背景点质心趋近于收敛,则把小于c1t的点移除数据列表。