本发明公开一种串联变压器保护区内故障加速系统，包括绕组差判别模块和纵差判别模块，所述绕组差判别模块用于采集串联变压器原边绕组制动电流的变化值，并在变化值大于判别门槛时投入纵差判别模块的饱和判据，变化值小于判别门槛时退出纵差判别模块的饱和判据；所述纵差判别模块用于实现饱和判据，并采集串联变压器原边、副边绕组的电流差。本发明还公开一种串联变压器保护区内故障加速方法，采集串联变压器原边绕组的制动电流变化值，若变化值大于判别门槛，则投入纵差保护饱和判据；否则退出纵差保护饱和判据，并缩短纵差计时延时。此种技术方案可提高纵差保护反映串联变压器内故障，特别是匝间短路的灵敏度和动作速度。