本发明公开了一种纳米荧光染料的制备方法，包括如下步骤：将荧光染料溶于有机溶剂，配制成荧光染料有机溶液，记为料液A；将表面活性剂溶于水中，配制成表面活性剂水溶液，记为料液B；将料液A和料液B通过进料口同时注入到超重力旋转填充床中，在超重力环境，使料液A和料液B进行充分混合沉淀后从出料口排出，收集得到纳米荧光染料浆料；将纳米荧光染料浆料通过减压蒸馏的方式除去有机溶剂，制备得到纳米荧光染料。该方法采用超重力旋转填充床，制备出的纳米荧光染料颗粒粒径≤100纳米；粒度分布均匀，分散性好，PDI值≤0.3；并且制备工艺简单、反应时间短；本方法解决了染料纳米化工艺复杂、产品粒径大且粒度分布不均匀等问题。