本发明公开了一种含巯基的萘并吡喃类光致变色化合物，结构如式I或II所示：各取代基定义详见说明书。本发明还公开了一种由上述含巯基的萘并吡喃类光致变色化合物制备的水溶性光致变色组合物，是由以下重量份的组分制成：光致变色单元1～20份、水溶性聚合物40～500份、溶剂10～500份，所述光致变色单元为所述含巯基的萘并吡喃类光致变色化合物。本发明还提供了一种所述水溶性光致变色组合物在制备水性光变色指甲油中的应用。本发明制备的水溶性光致变色组合物可应用于水性光变色指甲油、防伪油墨、化妆品、服装、工艺品、室外装饰材料和光学镜片中。