本发明涉及一种海洋温差能系统透平输出功自适应控制系统及方法，其特征在于，包括温度传感器和信号采集控制器；四个所述温度传感器分别设置在海洋温差能系统的温海水回路和冷海水回路中热交换器的入口和出口处，用于实时测量温海水回路和冷海水回路中热交换器的入口温度和出口温度；所述信号采集控制器分别电连接四个所述温度传感器，用于采用自适应算法，根据实时测量的入口温度和出口温度，实时计算使所述海洋温差能系统中透平达到稳定输出所需的海水流速，并根据实时计算的海水流速，实时控制所述海洋温差能系统中海水泵的流速，使所述海洋温差能系统的透平达到稳定输出的工作状态，本发明可以广泛应用于海洋温差能发电领域中。