本发明公开了一种单纵模与非单纵模双波长激光交替调Q输出方法及激光器，该激光器包括：第一泵浦源、第一激光增益介质、起偏器、第二泵浦源、第二激光增益介质、第一激光全反射镜、第二激光全反射镜、四分之一波片、电光调Q晶体和激光输出镜，当电光调Q晶体迅速加压时，输出第二波长非单纵模激光，当电光调Q晶体阶跃式退压时，输出第一波长单纵模激光。本发明方案可以获得较宽波长范围的双波长激光、较大的波长间差值，在输出脉冲序列上呈现出单纵模与非单纵模双波长脉冲交替状态，并且激光增益介质的种类不受限定。