本发明公开了一种基于比对分析的食物过敏原分析系统，包括：输入系统：用于输入发生过敏症状当日所摄入食物及时间，输入发生的过敏症状；过敏原数据库：用于储存过敏诱发物、其所含过敏原与相关过敏症状的信息；比对分析系统：用于将每一具体记录选项与过敏原数据库中过敏原信息进行比对，并对每一过敏原致敏的可能性与诱发物诱发过敏的可能性进行评分并排名；输出系统：用于将总分靠前的过敏原及其所存在的诱发物依照总分高低排序呈递给患者，并根据过敏原数据库中的数据自动向用户推荐应避免摄入的食物。本发明能够自动分析诱发过敏的诸过敏原并对其可能性进行排名，以便患者完成过敏性疾病的自诊初诊，并为医生的诊疗提供了便利。