本发明公开了一种深海用气压补偿磁式旋转编码器，涉及旋转编码器领域，该编码器的高压空气罐与壳体之间水密连接，输出轴设置在壳体上，电路板设置在壳体的密封空腔内，水密接插件设置在壳体上并且与电路板上的线缆连接，第一电磁溢流阀连通高压空气罐和壳体的密封空腔，第二电磁溢流阀连通壳体的密封空腔和壳体的外部环境，第一压力传感器安装在壳体的外部、第二压力传感器安装在壳体的密封空腔内并且连接电路板，该编码器通过压力传感器和电磁溢流阀实现气压补偿，在满足深海使用需要的基础上避免了油液补偿会存在的液压油泄漏的问题；同时静密封和气动密封的协同设计也可以有效防止海水和泥沙进入编码器内部，提高编码器的使用可靠性。