本发明公开一种利用菌种降低不同品种烤烟TSNAs的烘烤方法，包括采收成熟度适宜的烤烟鲜烟叶；将采收的鲜烟叶进行分类后编竿；用05‑101、J45、J54中至少一种菌种配制OD600值为1的菌液，然后将菌液均匀喷洒接种于已编杆的烟叶表面；将接种后的已编杆烟叶装入密集烤房；将装炉后的烟叶进行烘烤，经过变黄期、定色期和干筋期，即可得到低TSNAs的烟叶。本发明通过给即将装炉的鲜烟叶接种特制菌液，根据烟叶品种调控烘烤过程中烤房干燥室内环境温湿度阶段变化，从而促进烤烟中TSNAs降解，达到调控烟叶TSNAs含量，提高烤烟品质的目的，对降低烟草TSNAs对人体健康及生活环境带来的危害具有非常重要的意义。