本发明实施例提供了一种轴类部件的对中装配方法及系统，该方法包括：通过第一装配体容置并固定第一轴类部件和第二轴类部件；在显微镜观察区域内设置第一装配体，使第一轴类部件的轴与显微镜观察面垂直，确定第一轴类部件的轴的投影为第一轴心点，以及，使第二轴类部件的轴与显微镜观察面垂直，确定第二轴类部件的轴的投影为第二轴心点；通过第二装配体容置并固定第一轴类部件和第二轴类部件，且使第二轴类部件设置于第一轴类部件之上；根据第一轴心点和第二轴心点，确定目标轴类部件和目标垫片；将目标垫片设置于第二装配体与目标轴类部件之间，并旋转目标轴类部件，以使第一轴心点与第二轴心点对准。本发明实施例提高了轴类部件的对中装配质量。