本发明公开一种F级燃气蒸汽联合循环系统自启停控制系统及其控制方法，系统包括监控后台以及多个控制机柜；监控后台通过各控制机柜监控各联合循环系统的运行；各控制机柜包括电源、过程控制模块、输入输出接口模块以及通讯模块；过程控制模块通过输入输出接口模块获取被控联合循环系统的运行参数信息；过程控制模块包括系统控制单元和多个单体设备控制单元；系统控制单元根据被控联合循环系统的运行参数信息，通过各单体设备控制单元控制相应子系统中各设备的启动或停止，以控制被控联合循环系统中的多个子系统依次自动启动或停止。利用本发明可降低运行人员劳动强度，提高系统启停过程的一致性，减少人为误操作，减少启动和停止的时间，提高机组运行的安全性。