本发明涉及一种奇异摄动系统的抗干扰控制方法，针对奇异摄动系统中快状态变量与慢状态变量分别具有快变干扰与慢变干扰的问题，首先对系统在复杂环境条件下面临的干扰进行分析，建立包含外部干扰的系统模型；其次，依据奇异摄动理论将系统模型转化为奇异摄动系统模型，并对系统进行奇异摄动分解，得到快子系统和慢子系统；再次，分别对各子系统设计干扰观测器实现对外部干扰的精确估计；最后，设计状态反馈控制器实现对外部干扰的精准补偿和各子系统的快速控制；本发明具有抗干扰能力强、控制精度高、收敛速度快的特点，可用于卫星、无人机、导弹等航空航天奇异摄动系统的高精度快速控制。