本发明涉及一种电力系统中的信息保护系统及其初始化方法，属于电力系统技术领域。本发明通过为每个装置的初始化分配一个命令，每个命令按照先召唤装置组标题，再召唤组的描述和属性的顺序执行，各命令并行运行；当信息保护系统中的站初始化时，为每一个站分配一个包含先初始化站的组标题，再通过召唤站的组标题返回继续初始化描述和属性的命令，若站的描述和属性中涉及二次装置的返回时，则调用为装置分配的命令，并控制各命令并行运行。本发明采用各命令并行运行方式实现信号保护系统的中装置、子站的初始化功能，通过各命令的并行操作，大大减少了初始化时间，提高了初始化效率。