本发明公开了一种基于碳纳米管聚多巴胺复合材料微生物燃料电池的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，将羟基化多臂碳纳米管加入溶剂超声分散；步骤2，将超声后的CNTs-COOH和盐酸多巴胺按质量比例1:0.6-:6混合得混合物；步骤3，将混合物接入搭建好的MFC阳极室中，使其HCl-DA的终浓度为0.1-1 mg/mL；步骤4，采用Ag/AgCl为参比电极，通过循环伏安法扫描在（-1.0）V-（+1.0）V进行电聚合。与现有技术相比，本发明微生物燃料电池通过碳纳米管聚多巴胺复合材料为原料，结合菌作为电池的阳极液，良好的稳定性和分散性，提高了MFC的产电量，具有良好的市场前景。