本发明涉及一种近海填海区域运营地铁上方的地基加固措施方法，其步骤为：首先结合工程地质情况，在地铁隧道周边打设单排截水旋喷桩；在地铁保护区内实施井点降水，并加密降水井布置；降水后，在地铁保护区采用分段施工，每段先开挖两端的抗拔桩冠梁范围，再开挖中间盖板区域；在隧道两侧先进行抗拔灌注桩施工，再进行分段分层开挖；整条地铁线路保护区段抗浮结构施工完成后，卸除地铁线路两侧设计主槽上方的土体。本发明能够减少挖土施工导致地铁上方卸荷影响时间，加快门式抗浮结构形成时间，有效控制地铁结构变形，保证运营地铁线路的安全。