本发明公开了一种基于FFT算法的发电机组扰动源定位方法，包括：当电力系统出现低频振荡时，调取发电厂内各发电机组在低频振荡全过程的电气量录波；对于每台发电机组：均从电气量录波中选取其在稳态振荡阶段的有功功率和频率，并使用FFT对有功功率和频率分别进行处理，提取发电机组在稳态振荡阶段的N个主导振荡模态分量；对于发电机组的每个主导振荡模态分量，均计算其振荡能量并提取非周期分量；然后将发电机组N个主导模态振荡能量的非周期分量叠加，得到发电机组的总非周期能量；对于发电厂内每台发电机组：均根据发电机组的总非周期能量的曲线斜率，判断其是否为扰动源。本发明可以对若干主导振荡模态共存情况下的扰动源进行精确定位。