本发明属于中药活性成分提取技术领域，具体涉及不同生物活性的黄连生物碱的提取方法及应用，其包括以下步骤：(1)粗提取：黄连预处理，硫酸浸泡，渗漉，渗漉液中和，浓缩，过滤，得精制的黄连提取浓缩液；(2)活性生物碱I的提取：向黄连提取浓缩液中加入浓盐酸和氯化钠，沉淀，固液分离，固体即为活性生物碱I，液体即为母液I；(3)活性生物碱II的提取：采用有机溶剂萃取母液I，浓缩萃取后的有机相，得到活性生物碱II，萃取后的水相为母液II；(4)活性生物碱III的提取：采用有机溶剂萃取母液II，浓缩萃取后的有机相，得到活性生物碱III；该提取方法能够得到三种不同生物活性的黄连生物碱，提高黄连的综合利用率。