本发明实施例公开了一种库区污染源头管控方法及系统，包括选择库区的集雨区，以库区及库区支流为中心将集雨区从内而外划分若干相邻分布的多级资源保护区；确定多级资源保护区内与库区水污染存在链接关系的源头，根据每个源头的水流流向以及每个源头携带的污染源生成响应的管控防护带；在库区周边以及边界处设置增加库区水质稳定性的隔离防护带，对库区和库区支流内的水资源实行封闭式管理；系统包括多维链接体系，生物低洼带，降氮水循环系统，空中悬浮梯机构，谭链生态系统和生态浮床；本方案将库区形成封闭式的污染管理，可避免其他污染物直接流入库区内，经过库区周边的隔离和净化，保证库区处于稳定的生态平衡，避免受到严重的污染灾害。