一种双门隔断式内窥镜清洗消毒系统，属于医疗器械技术领域。其特征在于：包括并排设置的多个消毒单体，多个单体依次贴合呈直线排布，在消毒单体的两侧间隔形成洁净区域和污染区域；每一个消毒单体包括清洗仓（3），在清洗仓（3）的两侧分别设置有装载门（2）和卸载门（4），装载门（2）和卸载门（4）分时开启，装载门（2）位于污染区域一侧而卸载门（4）位于洁净区域一侧，内窥镜自装载门（2）放入清洗仓（3）内，在清洗仓（3）内完成清洗后自卸载门（4）取出。在本双门隔断式内窥镜清洗消毒系统中，间隔形成污染区域和洁净区域，实现了未消毒的内窥镜和已消毒的内窥镜完全隔离，避免了出现二次污染。