本发明提供了一种结构底板的防水结构及施工方法，涉及建筑防水技术领域。该结构底板的防水结构，包括防水层和渗透层；所述渗透层的其中一个面与所述防水层接触；所述渗透层的另一个面用于铺设结构底板；所述渗透层上设置有缝隙，所述缝隙能够通过结构底板的浆料。施工方法包括：将所述渗透层覆盖在所述防水层的一个面上；将所述防水层的另一个面铺设在开挖面上；对所述防水层的铺设进行检验。本发明解决了现有底板结构的防水结构不利于结构底板快速施工及不能使防水卷材与混凝土的结构底板满粘的技术问题。