本发明公开了一种换流站监控信息缺失下的电压波动在线判断方法、系统及介质，本发明方法的实施步骤包括：采集变流站设备实时数据并计算多项电压波动评估指标，包括电压波动发射水平指标、多负荷引起电压波动水平指标、闪变功率法电压波动指标和U-I斜率法电压波动指标；将所有指标进行归一化，引入目标函数并设定参数值；通过粒子群算法计算目标函数最优解并分析判断负荷分支是否为电压波动源，若输出结果大于0则该负荷分支存在电压波动并确定其电压波动水平。本发明能够有效解决换流站中在线监测信息缺失情况下电压波动识别问题，不仅更精确地判断电压波动源，还能确定电压波动发射水平，从而能够为换流站电能质量治理工作提供技术保障。