本发明提供了一种永磁电机转子安装系统及安装方法，安装系统包括工作台和位于工作台上的电机定子、两个调整支架和两个连接杆。安装方法包括：S1：将电机定子置于两调整支架之间；S2：将两个连接杆分别穿过两个通孔，其中一连接杆穿过定子安装腔，永磁转子的两端分别连接一连接杆；S3：控制器根据位置传感器感应的数据调节永磁转子的位置，使永磁转子的中心线和定子安装腔的中心线重合；S4：连接杆带动永磁转子沿着永磁转子的中心线移动；S5：永磁转子移动至设定位置后停止推进驱动设备，安装完成。本发明精确控制了永磁转子外部和定子安装腔内壁之间的距离，防止永磁转子和电机定子的碰撞造成的损坏。