本发明公开了一种微生物发酵育苗基质和应用及水生植物栽培装置，基质包括从下至上依次布置的基础培养层以及秸秆层，基础培养层的表面具有嵌入有莲蓬壳的莲蓬壳区域；基础培养层包括：秸秆肥料；有机肥；秸秆颗粒；黄泥；微量元素；莲蓬壳颗粒。利用水生植物栽培槽栽培莲、茭白等水生植物时，在栽培区域铺设一层水生植物秸秆层，再在水生植物秸秆层上铺设基质。本发明可以用于水生植物的栽培种植，营养充分，完全满足其生长。本发明中微生物发酵育苗基质的各个组分组合在一起，使得基质质地疏松，便于跟踪筛选优异单株，便于采挖留种。本发明不但可以满足水生植物生长所需的营养元素，而且通过本发明栽培的水生植物，长势超过大田的栽培方式。