本发明涉及一种高粱α-淀粉酶及其编码基因与应用。本发明的高粱α-淀粉酶的氨基酸酸序列如SEQ ID No.6所示或在此序列中经取代、缺失或添加一个或几个氨基酸且具有相同功能的氨基酸序列，其基因编码的核苷酸序列如SEQ ID No.1或与该序列80％同源性的序列所示。本发明的高粱α-淀粉酶在花粉特异性启动子驱动下在花粉发育期表达可提前降解淀粉，无法为花粉萌发提供能量，使得花粉萌发被遏制，导致花粉败育。本发明的高粱α-淀粉酶可有效防止转基因花粉逃逸，也可用于保持雄性不育植株的纯合隐性状态，同时在杂交制种过程中省去人工去雄步骤，在作物种质资源改良、遗传育种方面具有广阔的应用前景。