本发明公开了一种分布式异构流水车间的分布估计调度方法及系统，其中，方法包括以下步骤：对种群与概率模型进行初始化，并设置参数；采用PBIL方法对概率模型在进化的每一代中都进行更新；根据工厂内插入、工厂内交换、工厂间插入和工厂间交换等不同邻域结构的搜索操作产生新解以进行贪婪搜索；对概率模型采样，以重新生成满足预设条件的个体，确定分布估计调度方案。该方法简单高效，可以有效解决工厂分配和工件排序子问题，进而能够有效解决分布式异构流水车间调度问题。