本发明提供一种双馈风电机组次同步振荡抑制方法及系统。该方法包括：对当前时刻的转子电流分量进行高通滤波，得到当前时刻的转子电流交流分量；根据当前时刻的转子电流交流分量的谐振频率对当前时刻的转子电流交流分量进行带通滤波，得到当前时刻的次同步频率分量；根据谐振频率对当前时刻的次同步频率分量依次进行相位补偿和比例放大，得到当前时刻的转子电压分量的附加阻尼分量；根据当前时刻的转子电压分量的附加阻尼分量确定当前时刻的转子电压分量的参考值；将当前时刻的转子电压分量的参考值输入双馈风电机组以抑制双馈风电机组次同步振荡。