本发明涉及一种变电站保信主站系统及其数据初始化方法，属于智能变电站的数据采集领域，包括：客户端产生初始化命令，ICE接口根据该初始化命令调用微服务模块，微服务模块产生标识符，通过ICE接口返回给客户端该标识符，并在数据库中创建该标识符对应的存储空间，且赋予表示数据处理中的第一数据状态信息；微服务模块向前置机发送消息，通过前置机获取相应保信子站的数据，将保信子站的数据存入数据库中相应标识符对应的存储空间，并且赋予表示数据处理结束的第二数据状态信息；当客户端查询数据库中的相应标识符，若对应的数据状态信息为所述第二数据状态信息，则读取相应标识符对应的数据。相对现有技术，本发明有效提高了数据初始化的可靠性。