本发明提供一株施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)菌株F2，其保藏编号为CGMCC No.17258。本发明还提供含有所述的施氏假单胞菌菌株F2的发酵液的应用。本发明的F2菌株在18h能够将25mg/L的亚硝酸盐降解到0mg/L，具有优异的亚硝酸盐降解能力。将筛选到的施氏假单胞菌和腐殖酸配合使用，可以进一步显著提高水体中氨氮、亚硝酸盐的转化效率提升。本发明中施氏假单胞菌和腐殖酸都水产养殖中常用的非药品制剂，具有安全、生态的特点。