本发明公开了一种肺癌GNAQ突变基因及其检测引物和应用。一种肺癌GNAQ突变基因，该突变位于GNAQ基因的5号外显子上，CDS序列第680位碱基T突变为C，对应第227位的氨基酸由甲硫氨酸突变为苏氨酸。检测所述的肺癌GNAQ突变基因的试剂在制备肺癌辅助诊断试剂中的应用。所述的检测肺癌GNAQ突变基因的试剂优选检测肺癌GNAQ突变基因的PCR引物。本发明公布了一种新的肺癌GNAQ基因突变，并验证了该突变具有高度致病性可能。本发明提供了检测该突变的引物序列及相关反应体系，通过PCR扩增测序实现该突变位点检测，可用于制备肺癌辅助诊断试剂，比NGS更加快速、简便、低成本。