本发明提供一种低损耗模块化多电平直流直流变换器的故障穿越方法，其中：变换器包括三个相单元，每一个相单元分三个桥臂，低压侧桥臂由若干个串联的子模块组成，子模块由两个半桥结构、四个电容和两个续流二极管组成，第一个半桥包括第一开关模块和第二开关模块，第二个半桥包括第三开关模块和第四开关模块；第一开关模块的负极与第二开关模块的正极相连，第二开关模块的负极与第三开关模块的正极相连，第三开关模块的负极与第四开关模块的正极相连；在直流输电系统中，当高压或低压侧发生双极短路故障时，关闭所有全控开关，强迫电流流经续流二极管，并通过电容，实现故障阻断。本发明可实现直流侧短路的故障阻断，同时不会增加损耗。