本发明公开了一种高压变频主煤流智能输送系统的运行控制方法，高压变频主煤流智能输送系统包括转矩检测系统、控制系统以及高压变频传动系统，高压变频传动系统包括由复数台变频电机驱动的输送带；转矩检测系统将变频电机的转矩采样信号送到控制系统中，控制系统将转矩采样信号转化为转矩数据，并根据转矩数据估算当前输送带负载的煤量，以转矩数据和/或估算煤量为依据控制高压变频传动系统，调节输送带的运行速度。本发明煤流输送速度的调整灵敏、故障率低、系统的节能效果好，减少了设备的运营成本。