本发明公开了一种控制棒驱动机构密封焊缝唇边坡口再制方法及系统，用于对控制棒驱动机构的密封焊缝唇边坡口尺寸超差进行修复，密封焊缝唇边坡口用于连接管座法兰和控制棒驱动机构的耐压壳，该方法包括：判断密封焊缝唇边坡口尺寸与设计要求尺寸的尺寸差值；根据判断结果选择对密封焊缝唇边坡口的不同修复方法；对修复后的密封焊缝唇边坡口进行验收。本发明解决了设备制造、在役阶段控制棒驱动机构密封焊缝尺寸超差的问题，可实现尺寸超差坡口的再制成型，恢复密封焊缝唇边尺寸至设计要求的技术效果。