本发明涉及一种具有囊核结构的阻燃剂及其制备方法和应用，先在次磷酸铝表面自组装三聚氰胺与酸(无机酸或有机酸)，再在自组装产物表面包裹有机树脂制得具有囊核结构的阻燃剂；制得的具有囊核结构的阻燃剂主要由次磷酸铝核芯、包裹在次磷酸铝表面的三聚氰胺盐层以及包裹在三聚氰胺盐层表面的有机树脂层组成，三聚氰胺盐为三聚氰胺与酸的自组装产物；应用为：将具有囊核结构的阻燃剂与合成高分子材料或天然高分子材料复合制得阻燃高分子材料。本发明的一种具有囊核结构的阻燃剂的制备方法，工艺简单，成本低廉；制得的阻燃剂阻燃性能好，耐热性能优异，耐水性好，力学性能优良，可以广泛应用于高分子材料的阻燃，且应用前景较好。