本发明涉及分子标记及分子育种技术领域，尤其是一种可追溯玉米混合授粉杂交种来源的方法及InDel分子标记，包括以下步骤：1)提取所有父本、母本及待检混合授粉杂交种叶片DNA；2)利用父本及母本的DNA筛选能够建立指纹图谱的分子标记；3)利用筛选的分子标记对步骤1)的DNA模板进行PCR扩增，记录父本、母本及待检混合授粉杂交种的基因型；4)根据获得的父本、母本的基因型推导所有可能的杂交种基因型；5)步骤3)获得的待检混合授粉杂交种基因型与步骤4)推导的所有杂交种基因型进行比对，记录相同基因型的位点数量；若某一待检混合授粉杂交种与某一推导杂交种具有最大的相同基因型位点数，则该推导杂交种的亲本为该待检混合授粉杂交种的亲本来源。