本发明涉及一种负压桶-桩复合基础结构及其施工方法。本发明的目的是提供一种抗水平变形能力强、海洋环境适应性好的负压桶-桩复合基础结构及其施工方法，包括承载桩和负压桶基础，负压桶基础具有内桶壁、外桶壁和接于内、外桶壁上部之间的封顶钢板，其中内桶壁内径略大于承载桩直径；负压桶基础固定于海床上，且在负压桶基础内、封顶钢板与海床之间灌注有混凝土；承载桩同轴置于负压桶基础上的内桶壁内并固定于海床上，承载桩与内桶壁之间填充有混凝土；负压桶基础顶部设有能在负压桶基础内形成负压的排水装置，以及相互配合能往负压桶基础内灌注混凝土的灌浆装置和回浆装置。本发明适用于海洋岩土工程范畴，海上风力发电机基础设计的技术领域。