本发明公开了一种去除砂仁种子团果肉的方法。包括以下步骤：将采收的砂仁果实去掉砂仁壳，得到砂仁种子团；向砂仁种子团中按质量体积比为1～10g：20mL加入纤维素酶溶液浸泡砂仁种子团酶解0.5～6h，用清洗液进行清洗后便可得到去除果肉后的砂仁种子。通过采用上述技术方案，砂仁种子团在浸泡酶解的过程中会使种子团果肉和胶质物分解，酶解0.5～6h便能去除掉种子表层的果肉和胶质物，不影响种子发芽，同时避免种子发霉病变；用清洗液进行清洗后种子表面的果肉和胶质物去除的更加干净，效率高，分离效果好，且避免了损伤种皮，保证了种子的活性，省时省力，方便快捷。